Aunque de la Edad Media no existen referencias concretas, algunos historiadores sitúan la primera noticia escrita de la cueva en un mensaje de Roger de Rovenach, gobernador de la isla, al alcalde de Manacor.
Primera aparición del nombre “Drach” en el libro “Historia del Reino de Mallorca” de Dameto.
Las cuevas fueron citadas por la mayoría de historiadores y geógrafos: Cardenal Despuig, en su Mapa de la isla de Mallorca; Berard y Solà en su “Viaje por el interior de la isla”; Joaquín María Bover en “Noticias histórico-topográficas de la isla de Mallorca”.
El militar y entomólogo alemán Friedrich Will, invitado a Mallorca por el archiduque Luis Salvador de Austria, trazaba el primer plano conocido de las Cuevas del Drach.
El artista francés Gaston Vuillier visitó las cuevas en 1888. Era amigo personal de Édouard Alfred Martel e influyó en las campañas científicas del espeleólogo. En 1889 publicó “Viaje a las Islas Baleares” en el que describe con detalle su visita a las Cuevas del Drach.
Son mencionadas en el libro “Clovis Dartetor” de Julio Verne. Posiblemente inspirado en la obra de sus contemporáneos, como Vuillier y el Archiduque Luis Salvador. En uno de los fragmentos enumera las maravillas de la isla y las grutas naturales del Drach a los ojos de un viajero: “¡consideradas como las más bellas del mundo, con sus lagos legendarios, sus capillas de estalactitas, sus baños de aguas limpias y frescas, su teatro, su infierno, denominaciones fantásticas si se quiere, pero que merecen las maravillas de aquellas inmensidades subterráneas!”
El francés Édouard Alfred Martel, considerado el padre de la espeleología moderna, llega a Mallorca en septiembre de 1896 por consejo de su amigo Vuillier y bajo la protección del sabio mecenas y gran historiador de la isla el archiduque Luis Salvador. Durante su exploración, acompañado de su colega Louis Armand, descubre nuevas cavidades y un gran lago subterráneo que hoy lleva su nombre. E. A. Martel levantó un plano esquemático de la cueva con las nuevas áreas descubiertas.
Se abre una nueva entrada a la cueva frente a Cala Murta, desde entonces convertida en la entrada oficial para las visitas.
El ingeniero catalán Carles Buïgas, conocido como “el mago de la luz”, culmina, después de quince meses, su proyecto de iluminación eléctrica del interior de la cueva que incluye el espectáculo conocido como “Amanecer en el lago”.