Tot i que de l'Edat Mitjana no hi ha referències concretes, alguns historiadors situen la primera notícia escrita de la cova en un missatge de Roger de Rovenach, governador de l'illa, a l'alcalde de Manacor.
Primera aparició del nom “Drach” al llibre “Història del Regne de Mallorca” de Dameto.
Les coves van ser citades per la majoria d'historiadors i geògrafs: Cardenal Despuig, al seu Mapa de l'illa de Mallorca; Berard i Solà al seu “Viatge per l'interior de l'illa”; Joaquín María Bover a “Notícies historicotopogràfiques de l'illa de Mallorca”.
El militar i entomòleg alemany Friedrich Will, convidat a Mallorca per l'arxiduc Lluís Salvador d'Àustria, traçava el primer pla conegut de les Coves del Drach.
L'artista francès Gaston Vuillier va visitar les coves el 1888. Era amic personal d'Édouard Alfred Martel i va influir en les campanyes científiques de l'espeleòleg. El 1889 va publicar “Viatge a les Illes Balears” on descriu amb detall la seva visita a les Coves del Drach.
Són esmentades al llibre “Clovis Dartetor” de Julio Verne. Possiblement inspirat en l'obra dels seus contemporanis, com Vuillier i l'Arxiduc Luis Salvador. En un dels fragments enumera les meravelles de l'illa i les grutes naturals del Drach als ulls d'un viatger: “considerades com les més belles del món, amb els llacs llegendaris, les capelles d'estalactites, els banys d'aigües netes i fresques, el seu teatre, el seu infern, denominacions fantàstiques si es vol, però que mereixen les meravelles d'aquelles immensitats subterrànies!”
El francès Édouard Alfred Martel, considerat el pare de l'espeleologia moderna, arriba a Mallorca al setembre del 1896, per consell del seu amic Vuillier i sota la protecció del savi mecenes i gran historiador de l'illa, l'arxiduc Lluís Salvador. Durant l’exploració, acompanyat del seu col·lega Louis Armand, descobreix noves cavitats i un gran llac subterrani que avui porta el seu nom. E. A. Martel va aixecar un pla esquemàtic de la cova amb les noves àrees descobertes.
S’obre una nova entrada a la cova enfront de Cala Murta. Des de llavors, s’ha convertit en l’entrada oficial per a les visites.
L’enginyer català Carles Buïgas, conegut com “el mag de la llum”, culmina, després de quinze anys, el seu projecte conegut com “Alba al llac”.