Auch wenn aus dem Mittelalter keine konkreten Quellen vorliegen, sehen manche Historiker die erste schriftliche Erwähnung der Höhle in einer Nachricht von Roger de Rovenach, Gouverneur der Insel, an den Bürgermeister von Manacor.
Erste Erwähnung des Namens „Drach“ in dem Buch „Historia del Reino de Mallorca“ („Geschichte des Königreichs Mallorca“) von Dameto.
Die Höhle wurde von den meisten Historikern und Geografen erwähnt: Kardinal Despuig, in seiner Landkarte der Insel Mallorca; Berard y Solà in „Viaje por el interior de la isla“ („Reise durch das Innere der Insel“); Joaquín María Bover in „Noticias histórico-topográficas de la isla de Mallorca“ („Historisch-Topographisches zur Insel Mallorca“).
Der deutsche Soldat und Entomologe Friedrich Will, der von Erzherzog Ludwig Salvator von Österreich nach Mallorca eingeladen worden war, zeichnete den ersten bekannten Grundriss der Cuevas del Drach.
Der französische Künstler Gaston Vuillier besuchte die Höhle im Jahr 1888. Er war persönlich mit Édouard Alfred Martel befreundet und hatte Einfluss auf die wissenschaftlichen Untersuchungen des Höhlenforschers. Im Jahr 1889 veröffentlichte er „Viaje a las Islas Baleares“ („Reise auf die Balearischen Inseln“), darin beschreibt er detailliert seinen Besuch in den Cuevas del Drach.
Die Höhle wird in dem Buch „Clovis Dardentor“ von Jules Verne erwähnt, möglicherweise inspiriert durch Werke seiner Zeitgenossen wie Vuillier und Erzherzog Ludwig Salvator. In einem der Fragmente zählt er die Wunder der Insel auf und beschreibt die Naturgrotte Cueva del Drach aus der Sicht eines Reisenden: „Sie gilt als die schönste der Welt, mit ihren legendären Seen, ihren Kapellen aus Stalaktiten, ihren Becken mit sauberem, frischem Wasser, ihrem Theater, ihrer Hölle – gewissermaßen fantastische Bezeichnungen, aber die Wunder jener unterirdischen Unendlichkeit verdienen sie!“
Der Franzose Édouard Alfred Martel, der als der Begründer der modernen Höhlenforschung gilt, kam im September 1896 nach Mallorca, auf Rat seines Freundes Vuillier und unter dem Schutz des klugen Mäzens und großen Historikers der Insel, Erzherzog Ludwig Salvator. Während seiner Erkundungen in Begleitung des Kollegen Louis Armand entdeckte er neue Hohlräume und einen großen unterirdischen See, der heute seinen Namen trägt. E. A. Martel erstellte eine schematische Zeichnung der Höhle mit den neu entdeckten Teilen.
Vor der Cala Murta wurde ein neuer Eingang zur Höhle geschaffen, der schließlich zum offiziellen Eingang für die Besichtigungen geworden ist.
Der katalanische Ingenieur Carles Buïgas, bekannt als „der Zauberer des Lichts“, vollendete nach fünfzehn Monaten sein Projekt zur elektrischen Beleuchtung des Höhleninneren, einschließlich des Lichtschauspiels, das als „Morgendämmerung am See“ bekannt ist.